Difference between revisions of "Excel templ: Protocols"

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Protocol name	D number	Step 1	Step 2	Step 3	Step 4	Step 5	Step 6	Step 7	Step 8	Step 9	Step 10	Step 11	Step 12	Step 13	Step 14	Step 15	Step 16	Number of steps
SUIT-001_O2_ce-pce_D003	D003	ce1	1Dig	1PM	2D	2c	3U	4G	5S	6Oct	7Rot	8Gp	9Ama	10AsTm	11Azd			14
SUIT-001_O2_PBMC-PLT_D004	D004	ce1	1Dig	1PM	2D	2c	3U	4G	5S	(6Oct)	7Rot	8Gp	9Ama	10AsTm	11Azd			14
SUIT-001_O2_mt_D001	D001	1PM	2D	2c	3U	4G	5S	6Oct	7Rot	8Gp	9Ama	10AsTm	11Azd					12
SUIT-001_O2_pfi_D002	D002	1PM	2D	2c	3U	4G	5S	6Oct	7Rot	8Gp	9Ama	10AsTm	11Azd					12
SUIT-002_O2_ce-pce_D007	D007	ce1	1Dig	1D	2M	4Oct	3c	4M	5P	6G	7S	8Gp	9U	10Rot	11Ama	12AsTm	13Azd	16
SUIT-002_O2_ce-pce-PBMC-PLT_D007a	D007a	ce1	1Dig	1D	2M	4Oct	3c	4M	5P	6G	7S	8Gp	9U	10Rot	11Ama	12AsTm	13Azd	16
SUIT-002_O2_mt_D005	D005	1D	2M	3Oct	3c	4M	5P	6G	7S	8Gp	9U	10Rot	11Ama	12AsTm	13Azd			14
SUIT-002_O2_pfi_D006	D006	1D	2M	3Oct	3c	4M	5P	6G	7S	8Gp	9U	10Rot	11Ama	12AsTm	13Azd			14
SUIT-003_AmR_ce_D017	D017	ce1	ce2P	ce3Omy	ce4U	ce5Rot	ce6S	ce7Ama										7
SUIT-003_AmR_ce_D058	D058	ce1	ce1SOD	ce1HRP	ce1AmR	ce2Omy	ce3U	ce4Rot	ce5Ama									8
SUIT-003_AmR_ce_D059	D059	ce1	ce1H2O	ce1MiR05	ce1DMSO	ce2Omy	ce3U	ce4Rot	ce5Ama									8
SUIT-003_O2_ce_D009	D009	ce1	ce2Omy	ce3U	ce4Rot	ce5Ama												5
SUIT-003_O2_ce_D012	D012	ce1	ce1P	ce2Omy	ce3U	ce4Rot	ce5Ama											6
SUIT-003_O2_ce_D028	D028	ce1	ce2Omy	ce3U	ce4Rot	ce5S	ce6Ama											6
SUIT-003_O2_ce_D037	D037	ce1	ce1Glc	(ce2Omy)	ce3U	ce4Ama												5
SUIT-003_O2_ce_D038	D038	ce1	(ce2Omy)	ce3U	ce3Glc	ce3'U	ce4Ama											6
SUIT-003_O2_ce_D039	D039	ce1	(ce2Omy)	ce3U	ce4Rot	ce5Ama												5
SUIT-003_O2_ce_D050	D050	ce1	ce1Snv	(ce2Omy)	ce3U	ce4Rot	ce5Ama											6
SUIT-003_O2_ce_D060	D060	ce1	(ce2Omy)	ce3U	ce4Rot	ce5Snv	ce6Mnanv	ce7Ama										7
SUIT-003_O2_ce_D061	D061	ce1	(ce2Omy)	ce3U	ce4Rot	ce5DMSO	ce6DMSO	ce7Ama										7
SUIT-003_O2_ce_D062	D062	ce1	ce1DMSO	(ce2Omy)	ce3U	ce4Rot	ce5Ama											6
SUIT-003_O2_ce-pce_D013	D013	ce1	ce1P	ce2Omy	ce3U	ce3Glc	ce3M	ce4Rot	ce5S	1Dig	1U	1c	2Ama	3AsTm	4Azd			14
SUIT-003_O2_ce-pce_D018	D018	ce1	ce1P	ce2Omy	ce3U	ce3Glc	ce4Rot	ce5S	1Dig	1c	2Ama	3AsTm	4Azd					12
SUIT-003_O2_ce-pce_D020	D020	ce1	ce1P	ce2Omy	ce3U	ce4Rot	ce5S	1Dig	1c	2Ama	3AsTm	4Azd						11
SUIT-004_O2_pfi_D010	D010	1PM	2D	2c	3U	4S	5Rot	6Ama	7AsTm	8Azd								9
SUIT-005_O2_pfi_D011	D011	1OctM	2D	3P	4S	5U	6Rot	7Ama	8AsTm	9Azd								9
SUIT-006_AmR_mt_D048	D048	1PM	2D	3Omy	4U	5Ama												5
SUIT-006_Fluo_mt_D034	D034	1PM	2D	3Omy	4U	5Ama												5
SUIT-006_MgG_mt_D055	D055	1PM	2D	3Cat	4U	5Ama												5
SUIT-006_O2_ce-pce_D029	D029	ce1	1Dig	1PM	2D	2c	3Omy	4U	5Ama									8
SUIT-006_O2_mt_D022	D022	1SRot	2D	2c	(3Omy)	4U	5Ama											6
SUIT-006_O2_mt_D047	D047	1PM	2D	2c	3Omy	4U	5Ama											6
SUIT-007_O2_ce-pce_D030	D030	ce1	1Dig	1G	2D	2c	3M	4U	5Ama									8
SUIT-008_O2_ce-pce_D025	D025	ce1	1Dig	1PM	2D	2c	3G	4S	5U	6Rot	7Ama	8AsTm	9Azd					12
SUIT-008_O2_mt_D026	D026	1PM	2D	2c	3G	4S	4D	5U	6Rot	7Ama	8AsTm	9Azd						11
SUIT-008_O2_pfi_D014	D014	1PM	2D	2c	3G	4S	4D	5U	6Rot	7Ama	8AsTm	9Azd						11
SUIT-009_AmR_ce-pce_D019	D019	ce1	1Dig	1S	2D	3P	4Rot	5Ama										7
SUIT-009_AmR_mt_D021	D021	1S	2D	3P	4Rot	5Ama												5
SUIT-009_O2_ce-pce_D016	D016	ce1	1Dig	1S	2D	3P	4Rot	5Ama										7
SUIT-009_O2_mt_D015	D015	1S	2D	3P	4Rot	5Ama												5
SUIT-010_O2_ce-pce_D008	D008	ce1	ce2Rot	ce3S	ce4D	1Dig	1c											6
SUIT-011_O2_pfi_D024	D024	1GM	2D	2c	3S	4U	5Rot	6Ama										7
SUIT-012_O2_ce-pce_D052	D052	ce1	1Dig	1PM	2D	2c	3G	4U	5Ama									8
SUIT-012_O2_mt_D027	D027	1PM	2D	2c	3G	4U	5Ama											6
SUIT-013_AmR_ce_D023	D023	ce1																1
SUIT-014_O2_pfi_D042	D042	1GM	2D	3P	4S	5U	6Rot	7Ama										7
SUIT-015_O2_pti_D043	D043	1OctM	2D	3G	4P	5S	6U	7Rot	8Ama									8
SUIT-016_O2_pfi_D044	D044	1OctM	2D	3G	4S	5Rot	6Omy	7U	8Ama									8
SUIT-017_O2_mt _D046	D046	1OctM	2D	3G	3c	4S	5U	6Rot	7Ama									8
SUIT-017_O2_pfi_D049	D049	1OctM	2D	2c	3G	4S	5U	6Rot	7Ama									8
SUIT-018_AmR_mt_D031	D031	1GMS	2D	3Ama														3
SUIT-018_AmR_mt_D040	D040	1GMS	2D	3Ama														3
SUIT-018_AmR_mt_D041	D041	1GMS	2D	3Ama														3
SUIT-018_O2_mt_D054	D054	1GMS	2D	3Ama														3
SUIT-019_O2_pfi_D045	D045	1PalM	2D	2c	03-Oct	4P	5G	6U	7S	8Rot	9Ama							10
SUIT-020_Fluo_mt_D033	D033	1PM	2D	3G	4S	5Rot	6Omy	7U	8Ama									8
SUIT-020_O2_mt_D032	D032	1PM	2D	2c	3G	4S	5Rot	6Omy	7U	8Ama								9
SUIT-021_Fluo_mt_D036	D036	1GM	2D	3S	4Rot	5Omy	6U	7Ama										7
SUIT-021_O2_mt_D035	D035	1GM	2D	2c	3S	4Rot	5Omy	6U	7Ama									8
SUIT-022 O2 ce D051	D051	ce1	ce2KCN	ce3SHAM														3
SUIT-023 O2 ce D053	D053	ce1	ce2SHAM	ce3KCN														3
SUIT-024_O2_ce-pce_D056	D056	ce1	1Dig	1PM	2T	2D	3Omy	4Ama										7
SUIT-025_O2_mt_D057	D057	1D	2M	03-Oct	3c	4M	5P	6G	7S	8Rot	9Ama							10
SUIT-026_AmR_mt_D064	D064	1S	2Rot	3D	4Ama													4
SUIT-026_O2_mt_D063	D063	1S	2Rot	3D	3c	4Ama												5
SUIT-027_O2_ce-pce_D065	D065	ce1	1Dig	1M	2D	3M	4P	5G										7
SUIT-006_Fluo_mt_D034_chemical background	D034_chemical backgr.																	0
SUIT-020_Fluo_mt_D033_chemical_background	D033_chemical backgr.																	0
SUIT-021_Fluo_mt_D036_chemical background	D036_chemical backgr.																	0

Protocol name	D number	Short name	Notes
SUIT-001_O2_ce-pce_D003	D003	RP1_pce	Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-001_O2_PBMC-PLT_D004	D004	RP1_PBMC-PLT	Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-001_O2_mt_D001	D001	RP1_mt	Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-001_O2_pfi_D002	D002	RP1_pfi	Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-002_O2_ce-pce_D007	D007	RP2_pce	A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-002_O2_ce-pce-PBMC-PLT_D007a	D007a	RP2_PBMC-PLT	A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-002_O2_mt_D005	D005	RP2_mt	A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-002_O2_pfi_D006	D006	RP2_pfi	A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
SUIT-003_AmR_ce_D017	D017	CCP-ce_+P+S	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_AmR_ce_D058	D058	CCP-ce_+AmR	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_AmR_ce_D059	D059	CCP-ce_+DMSO	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D009	D009	CCP-ce	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D012	D012	CCP-ce_+P	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D028	D028	CCP-ce_+S	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D037	D037	CCP-ce_+Glc+(Omy)	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D038	D038	CCP-ce_+(Omy)+Glc	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D039	D039	CCP-ce_+(Omy)	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D050	D050	CCP-ce_+Snv+(Omy)	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D060	D060	CCP-ce_+(Omy)+Snv+Mnanv	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D061	D061	CCP-ce_+(Omy)+DMSO+DMSO	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce_D062	D062	CCP-ce_+DMSO+(Omy)	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce-pce_D013	D013	CCP-ce_+Glc+M+viability+CIV	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce-pce_D018	D018	CCP-ce_+Glc+viability+CIV	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-003_O2_ce-pce_D020	D020	CCP-ce_+viability+CIV	A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
SUIT-004_O2_pfi_D010	D010	RP1-short
SUIT-005_O2_pfi_D011	D011	RP2-short	A: when malate-anaplerotic activity is zero
SUIT-006_AmR_mt_D048	D048	CCP-mtprep_AmR	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-006_Fluo_mt_D034	D034	CCP-mtprep_Fluo	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-006_MgG_mt_D055	D055	CCP-mtprep_MgG	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-006_O2_ce-pce_D029	D029	CCP-mtprep_pce	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-006_O2_mt_D022	D022	CCP-mtprep_Srot	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-006_O2_mt_D047	D047	CCP-mtprep_PM	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-007_O2_ce-pce_D030	D030	Glutamate anaplerosis	A: Glutamate anaplerotic pathway
SUIT-008_O2_ce-pce_D025	D025	PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET	A: Additivity between the N- and S-pathway in the Q-junction
SUIT-008_O2_mt_D026	D026	PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt	A: Additivity between the N- and S-pathway in the Q-junction
SUIT-008_O2_pfi_D014	D014	PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi	A: Additivity between the N- and S-pathway in the Q-junction
SUIT-009_AmR_ce-pce_D019	D019	S_OXPHOS_Rot_AmR_pce
SUIT-009_AmR_mt_D021	D021	S_OXPHOS_Rot_AmR_mt
SUIT-009_O2_ce-pce_D016	D016	S_OXPHOS_Rot_O2_pce
SUIT-009_O2_mt_D015	D015	S_OXPHOS_Rot_O2_mt
SUIT-010_O2_ce-pce_D008	D008	Digitonin test	A: Optimization of digitonin concentration for pce
SUIT-011_O2_pfi_D024	D024	GM+S_OXPHOS+Rot_ET:pfi	A: Maximum mitochondrial respiratory capacity (OXPHOS with NS substrates) and coupling/pathway control
SUIT-012_O2_ce-pce_D052	D052	PM+G_OXPHOS_pce	A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
SUIT-012_O2_mt_D027	D027	PM+G_OXPHOS_mt	A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
SUIT-013_AmR_ce_D023	D023	AmR_ROUTINE
SUIT-014_O2_pfi_D042	D042	GM+P+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi	A: Cells or tissue types that display a preference for GM over PM to support NADH-linked respiration
SUIT-015_O2_pti_D043	D043	F+G+P+S_OXPHOS+Rot_ET	A: F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
SUIT-016_O2_pfi_D044	D044	F+G+S+Rot_OXPHOS+Omy	A: F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
SUIT-017_O2_mt _D046	D046	F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt	A:
SUIT-017_O2_pfi_D049	D049	F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi	A:
SUIT-018_AmR_mt_D031	D031	AmR_GMS_mt1
SUIT-018_AmR_mt_D040	D040	AmR_GMS_mt2
SUIT-018_AmR_mt_D041	D041	AmR_GMS_mt3
SUIT-018_O2_mt_D054	D054	O2_GMS_mt4
SUIT-019_O2_pfi_D045	D045	Pal+Oct+P+G_OXPHOS+S+Rot_ET	A:
SUIT-020_Fluo_mt_D033	D033	PM+G+S+Rot_OXPHOS+Omy_Fluo	A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
SUIT-020_O2_mt_D032	D032	PM+G+S+Rot_OXPHOS+Omy	A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
SUIT-021_Fluo_mt_D036	D036	OXPHOS (GM+S+Rot+Omy)_Fluo	A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
SUIT-021_O2_mt_D035	D035	OXPHOS (GM+S+Rot+Omy)	A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
SUIT-022 O2 ce D051	D051	AOX (ce CN+SHAM)	A: Determination of the respiration due to the alternative oxidase pathway
SUIT-023 O2 ce D053	D053	AOX-ce SHAM+CN	A: Determination of respiration through the CIII-CIV pathway
SUIT-024_O2_ce-pce_D056	D056	ATPase (PM)	A: Determination of the presence of ATPases in mitochondrial preparations.
SUIT-025_O2_mt_D057	D057	OXPHOS (F+M+P+G+S+Rot)
SUIT-026_AmR_mt_D064	D064	S+Rot_OXPHOS_AmR
SUIT-026_O2_mt_D063	D063	S+Rot_OXPHOS
SUIT-027_O2_ce-pce_D065	D065	Malate anaplerosis	A: Malate anaplerotic pathway
SUIT-006_Fluo_mt_D034_chemical background	D034_chemical backgr.	CCP-mtprep_chemical background	A: Coupling control protocol, mtprep
SUIT-020_Fluo_mt_D033_chemical_background	D033_chemical backgr.	PM+G+S+Rot_OXPHOS+Omy_chemical background	A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
SUIT-021_Fluo_mt_D036_chemical background	D036_chemical backgr.	OXPHOS (GM+S+Rot+Omy)_chemical background	A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential

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 {| class="wikitable"
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Protocol name
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Protocol name
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | D number
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | D number
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 1
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 1
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 2
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 2
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+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 3
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 4
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 4
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 5
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 5
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 6
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-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 9
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 9
-! style="font-size:11px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 10
+! style="font-size:10px; background-color:#c0c0c0; color:#333333;" | Step 10
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